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Philippe GAMBETTE

Maître de Conférences

Présentation :

http://igm.univ-mlv.fr/~gambette/

Localisation :

UPEMLV

Bâtiment UPEM Copernic 4B079 - 01 60 95 77 34

Contact :

philippe.gambette@univ-mlv.fr

Pôle :

MOA

Thèse :

Combinatorial Methodes for the Reconstruction of Phylogenetic Networks, PhD thesis supervised by Christophe Paul and Vincent Berry at LIRMM, defended on November 30th, 2010, at Université Montpellier 2

Publications en revues avec comité de lecture

Publications HAL de Gambette de la collection CV_LIGM

2017

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Philippe Gambette, Katharina Huber, Guillaume Scholz. Uprooted Phylogenetic Networks. Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2017, 79 (9), pp.2022-2048. 〈10.1007/s11538-017-0318-x〉. 〈hal-01570943〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-01570943/file/10.1007-s11538-017-0318-x.pdf BibTex
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Philippe Gambette, Katharina Huber, Steven Kelk. On the challenge of reconstructing level-1 phylogenetic networks from triplets and clusters. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2017, 74 (7), pp.1729-1751. 〈10.1007/s00285-016-1068-3〉. 〈hal-01391430〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-01391430/file/art-10.1007-s00285-016-1068-3.pdf BibTex
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Annie Glatigny, Philippe Gambette, Alexa Bourand-Plantefol, Geneviève Dujardin, Marie-Hélène Mucchielli-Giorgi. Development of an in silico method for the identification of subcomplexes involved in the biogenesis of multiprotein complexes in Saccharomyces cerevisiae. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2017, 11 (67), pp.1-12. 〈10.1186/s12918-017-0442-0〉. 〈hal-01560671〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-01560671/file/Glatigny_et_al-2017-BMC_Systems_Biology.pdf BibTex
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Philippe Gambette, Leo Van Iersel, Mark Jones, Manuel Lafond, Fabio Pardi, et al.. Rearrangement Moves on Rooted Phylogenetic Networks. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (8), pp.e1005611.1-21. 〈10.1371/journal.pcbi.1005611〉. 〈hal-01572624v2〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-01572624/file/main.pdf BibTex
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Philippe Gambette, Andreas D.M. Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette, Louxin Zhang. Solving the tree containment problem in linear time for nearly stable phylogenetic networks. Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2017, to appear, 〈10.1016/j.dam.2017.07.015〉. 〈hal-01575001〉
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2016

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Philippe Gambette, Leo Van Iersel, Steven Kelk, Fabio Pardi, Celine Scornavacca. Do branch lengths help to locate a tree in a phylogenetic network?. Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2016, 78 (9), pp.1773-1795. 〈10.1007/s11538-016-0199-4〉. 〈hal-01372824〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-01372824/file/2016GambetteIerselKelkPardiScornavacca.pdf BibTex
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Nadège Lechevrel, Philippe Gambette. Une approche textométrique pour étudier la transmission des savoirs biologiques au XIXe siècle. Nouvelles perspectives en sciences sociales, Prise de parole (Ontario, Canada), 2016, 12 (1), pp.221-253. 〈10.7202/1038375ar〉. 〈hal-01408455〉
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2014

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Rosa Cetro, Marc Barbier, Philippe Breucker, Hilde Eggermont, Philippe Gambette, et al.. Vers une approche semi-automatique pour la définition de motifs d'argumentation utilisés dans les résumés de projets scientifiques du domaine de la biodiversité. Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, Hermann, 2014, Fouille de Données et Humanités Numériques, RNTI-SHS-2, pp.47-80. 〈http://editions-rnti.fr/?inprocid=1002029〉. 〈hal-01090607v2〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-01090607/file/2014CetroEtAl.pdf BibTex
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Christophe Crespelle, Philippe Gambette. (Nearly-)tight bounds on the contiguity and linearity of cographs. Theoretical Computer Science, Elsevier, 2014, 522, pp.1-12. 〈10.1016/j.tcs.2013.11.036〉. 〈hal-00915069〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00915069/file/2013CrespelleGambetteTCS.pdf BibTex

2013

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Lionel Spinelli, Philippe Gambette, Charles Chapple, Benoît Robisson, Anaïs Baudot, et al.. Clust&See: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters. BioSystems, Elsevier, 2013, 113 (2), pp.91-93. 〈10.1016/j.biosystems.2013.05.010〉. 〈hal-00832028v2〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00832028/file/2013SpinelliEtAl.pdf BibTex
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Philippe Gambette, William Martinez. L'affaire du Mediator au prisme de la textométrie. Texto ! Textes et Cultures, Equipe Sémantique des textes, 2013, XVIII (4), pp.3318.1-3318.9. 〈hal-00881639〉
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00881639/file/2013GambetteMartinez.pdf BibTex
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Hyeran Lee, Philippe Gambette, Frederique Gayraud, Melissa Barkat-Defradas. Élaboration d'un outil d'évaluation des performances en dénomination pour les patients bilingues atteints de la maladie d'Alzheimer. Rééducation orthophonique, Ortho édition, 2013, 253, pp.143-152. 〈halshs-00779471〉
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2012

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Philippe Gambette, Nuria Gala, Alexis Nasr. Longueur de branches et arbres de mots. Corpus, 2012, 11 (-), pp.129-146. 〈hal-00822993〉
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Philippe Gambette, Vincent Berry, Christophe Paul. Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2012, 10 (4), pp.1250004.1-1250004.23. 〈10.1142/S0219720012500047〉. 〈hal-00678046〉
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Philippe Gambette, Katharina Huber. On Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65 (1), pp.157-180. 〈10.1007/s00285-011-0456-y〉. 〈hal-00609130〉
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2011

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Philippe Gambette. Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques. Biosystema, Société Française de Systématique, 2011, 28, pp.85-92. 〈hal-00637319〉
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Philippe Gambette, Alain Guénoche. Bootstrap clustering for graph partitioning. RAIRO - Operations Research, EDP Sciences, 2011, 45 (4), pp.339-352. 〈10.1051/ro/2012001〉. 〈hal-00676989〉
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2010

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Christophe Crespelle, Philippe Gambette. Unrestricted and complete Breadth-First Search of trapezoid graphs in O(n) time. Information Processing Letters, Elsevier, 2010, 110, pp.497-502. 〈10.1016/j.ipl.2010.03.015〉. 〈lirmm-00469844〉
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2008

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Philippe Gambette, Daniel Huson. Improved Layout of Phylogenetic Networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2008, 5 (3), pp.472-479. 〈10.1109/tcbb.2007.1046〉. 〈lirmm-00309694〉
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00309694/file/2008GambetteHuson.pdf BibTex